أصدر الشيخ خليفة بن زايد آل نهيان رئيس الدولة مرسوماً اتحادياً بتعيين الشيخ خالد بن محمد بن زايد آل نهيان نائباً لمستشار الأمن الوطني بدرجة وزير.
وفبراير 2016 أصدر رئيس الدولة الشيخ خليفة بن زايد مرسوما اتحاديا يقضي بتعيين خالد بن محمد بن زايد رئيسا لجهاز أمن الدولة بدرجة وزير. وسبقه بمرسوم اتحادي، عين بموجبه الشيخ طحنون بن زايد مستشارا للأمن الوطني ويتبع مباشرة لرئيس المجلس الأعلى للأمن الوطني.
يعتبر هذا المجلس أعلى سلطة أمنية في الدولة، ويترأسه رئيس الدولة، وبعضوية نائب رئيس الدولة، وهو أيضا نائب المجلس الأعلى للأمن الوطني، وعضوية محمد بن زايد، ثم يأتي بالتراتبية التنظيمية مستشار الأمن الوطني وهو الشيخ طحنون الآن، وعضوية الشيخ سيف بن زايد، والشيخ منصور بن زايد، وعبدالله بن زايد، ثم عضوية رئيس جهاز أمن الدولة، وأخيرا عضوية رئيس أركان القوات المسلحة وهو حمد الرميثي.
وبحسب التراتبية فإن رئيس جهاز أمن الدولة هو في المرتبة التاسعة من أصل عشر مراتب، في حين أن مستشار الأمن الوطني يأتي في المرتبة الرابعة.
وبتعيين خالد بن محمد بن زايد نائبا لمستشار الأمن الوطني فإن هذا يعني تصعيده إلى المرتبة الرابعة بعد أن كان في المرتبة الخامسة متجاوزا وزير الداخلية سيف بن زايد والذي يشغل أيضا منصب نائب رئيس الوزراء، فضلا عن تجاوز الشيخ منصور بن زايد والشيخ عبدالله بن زايد وزير الخارجية والتعاون الدولي.
ولا يسبق خالد بن محمد بن زايد سوى الشيخ محمد بن زايد والذي يسبقه الشيخ محمد بن راشد آل مكتوم، ليترأس المجلس الأعلى للأمن الوطني رئيس الدولة الشيخ خليفة بن زايد.
