وبررت السلطات الأمنية اعتقاله بأنه "بناء على إذن من النيابة العامة لاتهامه بالتحريض على العنف والتظاهر ضد الدولة والانضمام لجماعة على خلاف القانون"، فيما أرجعت مصادر متضاربة اعتقال الدكتور بشر الذي يمثل تيار الاعتدال داخل الجماعة، بأنه يأتي على خلفية المشاركة في الدعوة لمظاهرات 28 تشرين ثاني (نوفمبر) الجاري، المعروفة إعلاميا باسم "الثورة الإسلامية" التي دعت لها الجبهة السلفية وسيشارك فيها تحالف الشرعية الذي ينتمي له الدكتور بشر. 

ويقول مراقبون إن القبض على بشر الذي شغل منصب وزير التنمية المحلية إبان حكم مرسي، يمثل رسالة تصعيد من السلطات الحالية، ضد التحالف، الذي يعد بشر القيادة الأبرز فيه حاليا بعدما تم اعتقال كل قادته. وقد ندد التحالف الوطني لدعم الشرعية ورفض الانقلاب باعتقال الدكتور محمد علي بشر وزير التنمية المحلية في حكومة الدكتور هشام قنديل؛ والقيادي بالتحالف، رافضا "استمرار الهجمة المسعورة ضد مكونات التحالف وأعضائهم، سواء في الجبهة السلفية أو حزب التوحيد العربي، وضد أبناء وبنات الحركة الطلابية الثائرة". 

وقال التحالف في بيان أصدر اليوم الخميس (20|11): "إن الانقلاب أصيب بحالة من هستيريا الثور المذبوح بعد تزايد الرفض الشعبي له وقوة الفعاليات الرافضة لوجوده، وإن اعتقال الدكتور محمد علي بشر لا شك أنه خسارة جديدة وكبيرة للساحة السياسية المصرية ولكنه لن يؤثر في خيارات التحالف أو مساره إلا مزيدا من الإصرار على إسقاط انقلاب الدم والعمالة". 

وأضاف: "إن اعتقال قيادات التحالف وملاحقة أعضائه والإصرار على تصعيد القمع وإرهاب الانقلاب وتجاوز الخطوط الحمراء مع النساء، لن يفت في عضد الثورة وسيدفع الانقلاب ثمنه غاليا، بإذن الله، فالجرائم المتواصلة لا ترد عليها الكلمات بل الميادين، وعلى الباغي ستدور الدوائر". 

وتابع البيان: "إن التحالف الوطني ماض في طريقه، وقيادته للحراك الثوري، وتوحيد الصفوف الشعبية حتى النصر والانتصار لثورة 25 يناير، ودحر الانقلاب، واقتلاع جذوره الفاسدة، والقصاص للشهداء، واستعادة المسار الصحيح للبلاد، وفقا لرؤية التحالف الإستراتيجية المعلنة في تشرين ثاني (نوفمبر) من العام 2013"، على حد تعبير البيان.