انتقد وزير الخارجية السوداني إبراهيم غندور موقف مصر في مجلس الأمن الدولي الداعم لإبقاء العقوبات المفروضة على الخرطوم بموجب قرار المجلس رقم 1591، واصفاً إياه بأنه «موقف شاذ وغريب»،وطالب مصر رسمياً بتفسير، فيما أكدت وزارة الخارجية المصرية في بيان أن القاهرة "تتخذ مواقفها بشأن السودان في مجلس الأمن بالشكل الذي يحافظ على مصالح الشعب السوداني"، على حد زعمها، دون أن توضح كيف أن إبقاء العقوبات يصب في صالح الشعب السوداني.
وأقر البيان المصري قائلا، إنه نما إلى علم الجانب السوداني أن المندوب المصري طالب بالإبقاء على العقوبات المفروضة على السودان في اجتماعات اللجنة.
وأكد المتحدث باسم الخارجية المصرية أحمد أبوزيد أن السفارة المصرية في الخرطوم أوضحت للسودانيين أن مصر«اتساقاً مع نهجها الدائم،تتبنى المواقف الداعمة لمصلحة الشعب السوداني، سواء خلال مداولات مجلس الأمن أو لجان العقوبات المعنية التابعة له». 
ولكن في ملف إبادة نظام الأسد للشعب السوري فإن نظام الانقلاب في مصر يدافع عنه، بالامتناع عن التصويت ضد أي قرار يضع حدا لمأساة الشعب السوري، كما يسعى نظام الانقلاب إلى فرض مشروع إقليمي يقول ناشطون فلسطينيون إنه يهدف إلى تصفية القضية الفلسطينية، وهو المشروع الذي قال الموقع الإخباري "الخليج أونلاين" إن أمير قطر حذر منه في قمة عمان الأخيرة أواخر مارس الماضي. 

ومنذ الانقلاب، وكشف النظام وإعلامه عن توجهات معادية للشعوب العربية وأطلق إعلامه حملات تحريض ضد غالبية الشعوب العربية وخاصة السوري والفلسطيني، ويتبنى مواقف رسمية تدعم حكومات قمعية في المنطقة، على ما يصف معارضون لنظام الانقلاب.